学生联盟对立事件
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日本国家青年男子篮球队在1990年于名古屋举行的亚洲青年篮球锦标赛上获得冠军，但随后关东联盟所属的三所大学以对日本篮协不满为由，拒绝让包括长谷川诚（日语：長谷川誠）在内的七名选手进入国青队。这不仅导致日本队教练的下台，同时还让日本国青队在1991年举行的世界青年篮球锦标赛上惨败，以排名垫底的成绩铩羽而归。此时关东学生联盟的主席是石川武（日语：石川武 (バスケットボール)），他后来虽然成为日本篮协的专务理事，但他此时却是反对日本篮协的代表人物之一。
女队主教练任命案
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2004年，曾率领日本女子国家队参加雅典奥运会的内海知秀（日语：内海知秀）教练因身体健康原因而宣布辞职。随后日本篮协任命当时的助理教练萩原美树子为主教练，但被萩原婉拒。此后，日本篮协一度安排日航兔队（日语：JALラビッツ）的教练荒顺一（日语：荒順一）为主教练，但这也导致日本女子国家队错失2006年世界女子篮球锦标赛参赛资格。内海知秀在2006年被重新任命为日本女子国家队主教练，而萩原美树子也在2007年重新担任助理教练一职。
bj联盟独立事件
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更多信息：职业联赛构想（日语：プロリーグ構想 (バスケットボール)）
长期以来，日本篮球的顶级联赛篮球日本联赛（日语：バスケットボール日本リーグ）都是一个由企业队所组成的业余联赛。因此自1990年代开始，呼吁日本篮协尽快组织职业联赛的声音就层出不穷。日本篮协决定从1995年启动职业联赛计划，并为此成立了篮球日本联赛组织（日语：バスケットボール日本リーグ機構）（JBL），同时也决定将职业联赛的运营权从篮协下放到联赛组织。1997年，日本第一份职业球员合同诞生；2000年，日本第一支职业篮球球队新潟天鹅BB诞生。
但与此同时，反对日本篮球联赛职业化的声音也非常响亮，这导致了日本篮球职业联赛迟迟无法退出。2004年，同属篮球日本联赛组织（日语：バスケットボール日本リーグ機構）的新潟天鹅BB和埼玉野马（日语：さいたまブロンコス）在失望之余宣布退出联赛组织和日本篮协并开始另组新的职业联赛。但日本篮协起初并不承认两只球队的退出，但新潟天鹅BB与埼玉野马已主动进入退出状态并宣布其新成立的新篮球日本联赛（bj联赛）正式启动。面对两只球队的坚定决心，日本篮协最终选择妥协并在2005年承认了两只球队的退出。不过此后日本篮协就宣布与bj联赛断绝关系，并严令其旗下球队不得与bj联赛的球队有任何交流。同时日本篮协还试图成立一个由他们所掌控的新职业联赛与bj联赛竞争，但这个计划遭到了企业队背后的企业反对，最后这个联赛只能沦为非职业联赛。
bj联赛与日本篮协的对峙持续了很长时间，此间所提议的日本国家男子篮球队从bj联赛甄选球员及两大联赛的交流赛都最终没有实现。2007年，东三河OSG凤凰（日语：三遠ネオフェニックス）与福冈新锐（日语：ライジングゼファーフクオカ）曾计划举行交流赛，但因为遭到日本篮协的反对而最终流产。
2008年，国际篮联提出“一个国家级联赛是理想的，最好的目标是整合（JBL联赛和bj联赛）”；而为了应对这个要求，日本篮协又开始了联赛职业化和合并两大联赛的讨论。[16] 2010年，bj联盟获得日本篮协的承认。同时，JBL联盟与bj联盟达成了《关于打造次世代顶级联赛的谅解备忘录》。按照备忘录的预计，两大联赛将在2013年实现合并。2011年12月5日，日本篮协召集JBL联盟与bj联盟举行会议并提出了新职业联赛的方案。但由于方案所提及的新职业联赛是一个与传统JBL联赛相同的职业俱乐部与企业队相混合的联赛，因此几乎所有的bj联盟旗下球队都表示了困难，因为这样的联盟不利于商业化推广。
2013年9月，新联赛全国篮球联赛（日语：ナショナル・バスケットボール・リーグ (日本)）（NBL）正式宣布成立。但bj联盟方面仅仅只有千叶喷射机一只球队参加，因此由日本篮协牵头的国内联赛整合计划宣告失败。
2013年12月，国际篮联对日本篮协的改革诉求之一就是合并日本国内两大顶级联赛并建立金字塔形的联赛架构，同时要求这个顶级联赛的主管机构必须是日本篮协。[17] 在2014年2月召开的理事会上，两大联盟就从2016－17赛季合并组建新的顶级联赛达成一致意见。[18]
2014年4月，国际篮联将就联赛合并在内的日本篮协改革案答复截止日定在当年10月底。6月21日，日本篮协、JBL联盟与bj联盟再度就联赛合并展开讨论。7月17日，职业联赛推进会宣告成立。虽然三方就联赛合并达成最终决定，但企业队居多的JBL联赛的诸多球队表示“排除企业冠名的做法不大好”并对联赛职业化进程表示为难。正因为如此，联赛合并继续推进缓慢，而由于距离国际篮联的截止日已经非常近，所以事实上已经无法达成目标。为了惩处日本篮协，国际篮联宣布对日本队实施全球禁赛。
随后，在国际篮联主持的日本篮协改革中，新的顶级联赛——日本职业篮球联赛（B.League）在2016－17赛季正式开启。
在日本篮协规定的日本职业篮球联赛加入条件之一球队必须得到所在地地方篮协的支持，而广岛闪电（日语：広島ライトニング）由于被广岛县篮协拒绝而失去加入联赛的资格。[19][20][21]
会长人事任命案
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2005年，日本篮协决定自兼子勲（日语：兼子勲）离职后任命前埼玉县知事土屋义彦（日语：土屋義彦）为新任会长。土屋义彦是凭借其成功申办2006年世界篮球锦标赛而获得推选，但由于其长女牵涉《政治资金规正法（日语：政治資金規正法）》而受到质疑。特别是土屋义彦因为其长女的案件宣布从埼玉县知事一职上引咎辞职后，协会内对于任命其为会长的争议声越来越大，最终土屋义彦不得不宣布婉拒协会的任命。日本篮协不得不重新寻找新的会长几任人选，而亚瑟士的创始人鬼冢喜八郎（日语：鬼塚喜八郎）在几经波折后终于当选。
评议会内讧及日奥委会停权风波
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在原本讨论2006年度补充预算的理事会会议上，由主办世锦赛而导致的13亿日元赤字问题引发了对日本篮协执行部门的责任归属讨论，而这笔预算也在3月的评议委员会上被否决。此后，日本篮协执行部门试图通过增加评议委员的人数来推动审核，但因为反对派的的抵制而两度流会。6月，日本篮协在会议议程内加入了有关下届协会人事任命案的讨论，但还是第三次流会。由于预算未获审议通过，原定在德岛市举行的2007年亚洲篮球锦标赛一度悬而未决，最后不得不依靠临时预算方才度过财政危机。另一边，反对派理事以失信为由对协会领导人提出背任罪（日语：背任罪）的起诉。因为这次内讧事件导致不少赞助商选择退出。虽然部分理事表示愿意在任期届满后离职，但这仍未平息反对派理事的怒火，于是在9月试图召开第4次会议。
日本奥委会就此情况要求日本篮协进行说明，并敦促篮协尽快正常化。而与此同时，日本奥委会修改了对出事加盟协会的审查标准，最坏的结果可能导致该协会被强制退会。
11月25日，试图任命日本众议院议员兼日本女子篮球联盟主席麻生太郎为新会长并讨论人事任免问题的临时评议会召开，但会议第5度流会。而时任会长的鬼冢喜八郎（日语：鬼塚喜八郎）已因病休养，而暂代他行使会长权力的副会长莳苗昭三郎也因病倒下，日本篮协此时已风雨飘摇。另一名副会长远藤安彦被任命为临时会长，他再度召开审核预算的临时评议会，最终以仅凭法定人数多1人的情况下召开会议成功并通过预算。但日本奥委会以日本篮协的大混乱为由，于12月10日取消给篮协的约1,100万日元加强补助金。[22]
原定于2008年1月7日召开的任命新一届协会管理层的评议会因未达法定人数而流会。虽然19日试图再次召开，但依旧流会。最后由临时会长远藤安彦宣布承担责任并引咎辞职，专务理事石川代理会长职务。
FIBA全球禁赛及促协会改革事件
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2021年决算高额赤字案
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2022年，日本篮协所发布的2021年决算案显示其赤字高达5.8亿日元。日本篮协对此的解释是由于强化东京奥运相关项目及应对新冠疫情而导致的开支激增，而尽管为应对赤字而召开理事会会议也提上了议事日程，可相关会议仅仅在30分钟内结束，这导致了出席会议的评议员及俱乐部相关工作人员的严重质疑。[23]
会长任期改革问题争议
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2023年3月8日，日本有媒体爆出日本篮协在2022年11月所召开的一次理事会会议上对会长任期进行了重大修改。[24] 根据修改后的规定，会长的最长任期为7届14年，但日本篮协并未就这一重大变动对外发布新闻。而除了修改内容饱受争议外，日本篮协对外说明不够透明也备受指责。[24] 据报道，本次针对会长任期修改的会议是由现任会长三屋裕子所主持。《日刊体育》指出，依据体育厅所制定《体育组织管理守则》的规定，“包括理事与会长在内的官员任期原则上不得超过10年”，而日本篮协的任期修改案明显违背了这一规定。[24] 一名地方篮协干部就此批评道，“这大概只能视为是三屋会长为追求连任而做的修改”，同时他也讽刺日本篮协在修改任期案获批四个月后仍无新闻稿对外说明是“大概因为内心愧疚”。[24]